Với vai trò là người cai trị Tiền Tần, Phù Kiện trị quốc một cách tận tụy và tiết kiệm, ông đã bãi bỏ nhiều điều luật khắc nghiệt của Hậu Triệu và mời những người có khả năng tham gia vào chính quyền, song ông cũng là người bạo lực và dễ dàng cảm thấy bị xúc phạm. Giả như, năm 351, ông trở nên giận dữ khi Giả đề xuất rằng ông nên xưng vương thay vì xưng đế, ông đã vu cáo Giả âm mưu cùng tướng Tấn là Tư Mã Huân (司馬勳) và xử tử Giả cùng các con trai.

Năm 352, Phù Kiện xưng đế. Ông tiếp tục chống lại các tướng Hậu Triệu, lúc này đang kiểm soát các thái ấp nhỏ cùng quân Tiền Yên và Tấn, ba nước xác định biên giới bằng giao tranh sau khi Hậu Triệu diệt vong vào năm 351 và tiếp theo là khi Nhiễm Mẫn thất bại trước Tiền Yên vào năm 352. Năm 353, Phù Hùng và Phù Tinh cũng đẩy lùi một cuộc tấn công của Tiền Lương, một chư hầu trên danh nghĩa của nhà Tấn.

Năm 354, tướng Hoàn Ôn của nhà Tấn phối hợp cùng quân Tiền Lương để mở một chiến dịch lớn chống lại Tiền Tần. Phù Kiện tập hợp tất cả lực lượng sẵn có của mình và trao quyền chỉ huy cho các con trai là thái tử Phù Trường, Phù Sinh, Phù Thạch, cùng với Phù Hùng và Phù Tinh, sẵn sàng chống lại Tấn. Tuy nhiên, Hoàn Ôn đã tiến được đến vùng lân cận của Trường An, đánh bại mọi toán quân Tiền Tần trên đường hành quân. Tuy nhiên, Hoàn Ôn đã do dự khi bao vây, còn Phù Kiện đã dự đoán được cuộc tấn công của Tấn nên đã cho thu hoạch lúa mì, quân Tấn bắt đầu cạn nguồn lương thảo và buộc phải rút lui vào cuối mùa hè năm 354.

Tuy nhiên, thái tử Phù Trường đã bị một mũi tên gây trọng thương trong chiến dịch chống Hoàn Ôn và đã qua đời vào mùa đông năm 354. Vợ của Phù Kiện là Cường Hoàng hậu muốn lập người con trai út Phù Liễu (苻柳) làm thái tử, song Phù Kiện tin vào một lời tiên tri nên đã lập Phù Sinh làm thái tử, bất chấp việc Phù Sinh có tính bạo lực và đồng bóng.

Vào mùa hè năm 355, Phù Kiện lâm bệnh. Trong quá trình dưỡng bệnh, cháu trai Phù Tịnh tin rằng Phù Kiện đã chết nên đã tiến hành một cuộc tấn công bất ngờ nhắm vào hoàng cung, với ý định giết chết Phù Sinh và chiếm lấy ngai vàng. Phù Kiện trong khi vẫn đang mang bệnh đã nhanh chóng xuất hiện trước các cận vệ; quân của Phù Tinh trông thấy Phù Kiện đã hoảng sợ và bỏ trốn. Tuy vậy, Phù Kiện chỉ cho giết Phù Tinh. Phù Kiện qua đời năm ngày sau đó, thái tử Phù Sinh lên kế vị.